どちらも血液中の脂肪分なのですが、コレステロールと中性脂肪は構造が全く異なります。
コレステロールは細胞膜やホルモンの材料になります。
たとえば、女性ホルモンを作らなくなると血液中のコレステロールは増加してしまいます。
更年期以降に女性のコレステロール値が上昇するのはそのためです。
コレステロールは大事な成分なのですが、悪玉であるLDLコレステロールが多すぎると動脈硬化を引き起こす可能性が高まります。
国民健康・栄養調査（平成28年）によると、「総コレステロール」値の平均値について、男性は 196.3 mg/dL、女性は少し高めで207.6 mg/dL です。
総コレステロール値が240 mg/dL 以上（以前の高コレステロールの基準）の人の割合は、男性 9.8％、女性で 17.3％です。
一方、中性脂肪はエネルギー源です。
運動などで使われない余分なエネルギーは血液の中（中性脂肪）、肝臓の中（脂肪肝）、身体（体脂肪）にたまりますが、増えすぎると糖尿病など生活習慣病の引き金となります。
なお、コレステロール及び中性脂肪がともに基準値よりも高い「脂質異常症」について、20代から40代までは女性に比べて男性の方が圧倒的に疑われる人が多いのですが、前述のように、年を経て女性ホルモンを作らなくなると、女性は50代以降に急激に上昇し、男性とほぼ同じ割合になります。
コレステロールも中性脂肪も肝臓で作られます。
肥満（特に内臓脂肪の蓄積）、高血糖、多量飲酒の人は、コレステロールや中性脂肪をたくさん作ってしまいます。体重管理、運動などによる血糖コントロールの改善、節酒により、コレステロールや中性脂肪の改善が図れます。
食事の面では、コレステロール値が高いと卵を食べない人もいますが、卵の摂取はコレステロール値とはあまり関係ないと言われています。
むしろ、飽和脂肪酸をたくさん含んだ牛丼や菓子パンを控えた方がよさそうです。
それに対して、中性脂肪が高い人は、ラーメンに半チャーハンと餃子などの炭水化物の重ね食いや、炭水化物と脂質のセットのトンカツや唐揚げ定食などを控えた方がよいでしょう。
このように、コレステロールと中性脂肪は役割の違いがあり、食事療法も異なります。